Nói đến nước tức là nói đến các phân tử nước chứ sao lại là các nguyên tử nước được, bởi vì bản chất nước là một tập hợp của rất nhiều các phân tử nước, nếu lấy một phân tử nước đem ra mổ xẻ thì lúc này nó mới là sự liên kết giữa 2 nguyên tử Hiđro và 1 nguyên tử Ôxy.

Chưa nói đến khoảng cách, về cách nói nguyên tử nước là không đúng rồi, chúng ta có thể nói đúng hơn là hợp chất nước hoặc phân tử nước.

Còn về khoảng cách, chắc chắn giữa các phân tử nước tồn tại khoảng cách rồi, điều này giải thích cho hiện tượng tại sao khi bạn cho thêm đường hoặc muối hoặc các gia vị khác vào nước, chúng có thể hòa tan được. Sở dĩ đường hoặc muối có thể hòa tan được trong nước là do các phân tử đường hoặc muối sau khi vào nước sẽ bị tan rã ra và lấp đầy vào những khoảng trống ở giữa các phân tử nước này.

Còn nếu chỉ xét một phân tử nước, thì câu hỏi nên là có tồn tại khoảng cách giữa nguyên tử Hiđro và nguyên tử Ôxy trong liên kết $\text{H}_2 \text{O}$ không? Và câu trả lời cũng là có, bởi vì không riêng gì nguyên tử Hiđro hay Ôxy, mọi nguyên tử đều tồn tại khoảng cách giữa hạt nhân và các electron quay xung quanh nó, khi các electron liên kết nguyên tử Hiđro và Ôxy lại với nhau, thì khoảng cách giữa hạt nhân và electron vẫn không đổi.