Sau khi nghiền cơ học và thấm một ít dịch vị ở miệng khi chúng ta nhai thức ăn, chúng được đưa xuống dạ dày, tại đây protein trong thức ăn bị phân hủy một phần do các axít có trong dạ dày, sau đó chúng được đưa xuống ruột non và tiếp tục bị phân rã thành các thành phần đơn giản hơn như các axít amin nhờ vào các enzym có trong ruột non do tuyến tụy tiết ra, rồi được hấp thụ bởi cơ thể qua thành ruột non.

Vậy có thể nói protein có trong thức ăn phân hủy được là do một loạt các cơ chế phối hợp hoạt động của hệ tiêu hóa như nghiền nát thức ăn, thấm dịch vị, sự tham gia của các axít tiêu hóa và cuối cùng là các enzym.