Hãy tưởng tượng bộ não là một ông lớn, trong khi các cơ quan trong cơ thể là những thường dân, mặc dù những hoạt động thường ngày của đa số các thường dân ông lớn này không cần quan tâm như bác tiêu hóa, bác tuần hoàn, tim, trao đổi chất tế bào, ...v.v. nhưng điều đó không có nghĩa là ông lớn này không thể điều khiển được, chỉ là khi có việc cần ông lớn này mới truyền lệnh xuống mà thôi.

Ví dụ, khi bạn đang ở trạng thái nghỉ ngơi, tim đập bình thường không cần sự can thiệp của bộ não, khi bạn chạy hoặc hoạt động mạnh, cơ thể cần nhiều Ôxy hơn, lúc này nhịp đập của tim sẽ được kiểm soát bởi bộ não.

Có 2 cách chính mà bộ não dùng để kiểm soát các hoạt động trong cơ thể là,

Hệ thống thần kinh trung ương (Central nervous system)

Hệ thống thần kinh trung ương trải dài ở mọi ngõ ngách trong cơ thể, có nhiệm vụ dẫn truyền tín hiệu từ bộ não đến các cơ quan và ngược lại, giúp bạn có thể nghe, nhìn, cảm nhận (vị thức ăn, sự đau đớn, nhiệt độ, ...), v.v. Tín hiệu điện được truyền từ các mô tế bào đến bộ não diễn ra rất nhanh, đó là lý do tại sao vừa mới chạm vào da chẳng hạn, bạn có thể cảm nhận được ngay, tín hiệu điện được chuyển thành các tín hiệu hóa học diễn ra tại các đuôi sợi trục (Axon terminal) trong bộ não, nơi đáp trả lại các phản ứng phù hợp.

Hệ thống tuyến nội tiết (hormones)

Hệ thống tuyến nội tiết tiết ra các tín hiệu hóa học (gọi là các hormones) bao gồm các hormones kích thích hoặc ức chế vào mạch máu và sau đó được máu mang đi khắp cơ thể, tùy vào từng mô cơ quan sẽ có những phản ứng khác nhau với các hormones, mức độ phản ứng của chúng phụ thuộc vào nồng độ hormones có trong máu, một số ví dụ như:

• Hormones Adrenaline được tiết ra khi bạn sợ hãi, thích thú làm cho tim bạn đập nhanh hơn.
• Hormones Triiodothyronine ($\text{T}_3$) - Thyroxine ($\text{T}_4$) được sản xuất bởi tuyến giáp điều khiển mức năng lượng trong cơ thể bạn, nếu tới giờ đi ngủ mà nồng độ 2 hormones trong cơ thể bạn còn quá cao thì khó mà có thể ngủ được hoặc ngược lại, nếu quá ít, bạn sẽ cảm thấy lờ đờ mệt mỏi và bồ ngủ.
• Hormones Melatonin - một loại hormones được sản xuất bởi tuyến tùng, quyết định xem bạn đã tới giờ đi ngủ chưa, hoạt động dựa vào cảm nhận môi trường.

Sự tự vận hành của các cơ quan

Như mình đã nói lúc đầu, không phải lúc nào bộ não cũng điều khiển từng li từng tí các hoạt động của tất cả các cơ quan được, một số cơ quan có thể tự vận hành như tim, gan, thận, dạ dày, ...v.v.

Hope it help. Câu trả lời nếu có gì sai sót, mong mọi người góp ý bổ sung...